Второй Новоподмосковный переулок расположен в Войковском районе на территории Северного административного округа города Москвы. Переулок получил своё название в 1952 году в связи с примыканием к Подмосковной улице (ныне — улица З. и А. Космодемьянских), с близостью к ж.-д. платформе «Подмосковная» (ныне — «Красный Балтиец») и дачному посёлку Подмосковный (ныне не существует). До этого с 1941 года назывался 2-й Подмосковный переулок.