Нововаганьковский переулок расположен в Пресненском районе на территории Центрального административного округа города Москвы. Название Нововаганьковский происходит от находившегося здесь в XVIII веке села Новое Ваганьково. Позже переулок носил названия Большой Никольский и Никольский, по церкви Николая Чудотворца на Трёх горах, стоящей в переулке.
В конце 1920-х годов здание церкви было переоборудовано под клуб, а позднее там разместился дом пионеров имени Павлика Морозова. В 1939 году переулок был переименован из Большого Никольского в улицу Павлика Морозова. В 1992 году переулку было возвращено исконное название.