Малыгинский проезд расположен в Ярославском районе на территории Северо-Восточного административного округа города Москвы. Называется так по улице Малыгина (в честь полярного моряка Степана Гавриловича Малыгина), находящейся по противоположной стороне Ярославской железнодорожной линии в Лосиноостровском районе.