Лефортовский переулок расположен в Басманном районе на территории Центрального административного округа города Москвы. Название получил по историческому району Лефортово и Лефортовской солдатской слободе, располагавшихся по обоим берегам Яузы между Дворцовым (ныне Лефортовский мост) и Госпитальным мостами.