Духовской переулок расположен в районах Даниловский и Донской на территории Южного административного округа города Москвы. Переулок получил современное название по расположенной в его начале церкви Сошествия Святого Духа на Даниловском кладбище (1829—1838). С XIX века до начала XX века назывался проезд Даниловского Кладбища по Даниловскому кладбищу, которое было основано во время эпидемии чумы 1771 года в слободе Данилова монастыря.