Верхняя аллея расположена в Тимирязевском районе на территории Северного административного округа города Москвы. Статус улицы и название аллея получила в 1927 году. Первоначально носила название улица Верхняя Дорога, а в 1990 году была переименована в Верхнюю аллею. Название связано с Верхним Фермерским прудом, рядом с которым эта улица проходит.