Ботанический переулок расположен в Мещанском районе на территории Центрального административного округа города Москвы. Ботанический переулок назван так в конце XIX века по находящемуся здесь ботаническому саду Московского университета (ныне филиал Ботанического сада МГУ им. Ломоносова «Аптекарский огород»).