Ковылинский переулок расположен в районе Преображенское на территории Восточного административного округа города Москвы. Современное название переулок получил в 1922 году по фамилии купца Ильи Ковылина, основателя соседнего с переулком старообрядческого Преображенского кладбища. До 1922 года — 2-й Кладбищенский переулок (в 1987 году в состав переулка был включен и бывший Кладбищенский проезд, который вёл от Преображенского Вала ко входу на кладбище), названный по тому же кладбищу.