Прудовой проезд расположен в Останкинском районе на территории Северо-Восточного административного округа города Москвы. Появился в начале XX века как Кладбищенский переулок — по расположенному рядом Останкинскому кладбищу. В 1925 году мрачное название было заменено на современное, хотя сейчас Останкинский пруд, по которому проезд назван, отделён от Прудового проезда проездом Дубовой Рощи, территорией Останкинской телебашни и улицей Академика Королёва.